Il luogo dove sorge la chiesa era un tempo una zona di campagna che, sebbene fosse contigua alla città di Montevarchi, era comunque piuttosto lontana dalle mura. E infatti il Pestello deve il suo nome alla pestilenza del 1479 che si diffuse dopo i saccheggi e le devastazioni subite dal Valdarno ad opera del duca di Calabria Alfonso d' Aragona che combatteva nella guerra che seguì la Congiura dei Pazzi. Perché, all'infuriare del morbo, il Pestello, siccome sufficientemente distante dal centro abitato, venne adibito a lazzaretto o, meglio, a Pestis Hostellum.

 

Poco lontano invece, nei pressi del ponte sul torrente Dogana, sorgeva un tabernacolo con su un affresco raffigurante l'immagine della Sacra Famiglia, popolarmente chiamata Madonna delle Grazie. Il tempietto richiamava numerosi fedeli dalle campagne circostanti in quanto gli si attribuivano poteri miracolosi, poteri e miracoli che poi, in epoca cinquecentesca, portarono alla costruzione di un piccolo oratorio dove venne traslato il tabernacolo. L'Oratorio del Pestello, menzionato per la prima volta in documenti del 1522, esisteva ancora nel 1676 quando il vescovo di Fiesole Filippo Neri Altoviti ne autorizzò la benedizione e quando l'ormai sessantenne «Messer Bernardino Ferrari, archibusiere di Brescia», probabilmente un mercenario delle milizie granducali, decise di abbandonare il mestiere delle armi e stabilirsi in questa località per prendersi cura della chiesetta.

 

Comunque sia l'oratorio doveva essere piuttosto frequentato se quattro anni più tardi, nel 1680, il Proposto della Collegiata, sotto la cui giurisdizione si trovava l'oratorio, chiese al vescovo la facoltà di «fabbricare in detto luogo una Chiesa decente e competente alla comodità dei Popoli».

 

Per assicurare un regolare servizio religioso il Capitolo dei Canonici di San Lorenzo distaccò al Pestello alcuni suoi componenti che avrebbero dovuto dirigere le attività della chiesa e che presero il nome di Operai o Uffiziali. Primo Governatore di questa specie di Opera di Santa Maria delle Grazie fu Francesco Soldani, proposto di Montevarchi, mentre il canonico Francesco Cantucci assunse la carica di provveditore e il canonico Leonardo Mini quella di Camarlingo. Custode della chiesa rimase il bresciano Bernardino Ferrari almeno fino alla sua morte avvenuta nel 1687.

 

Nel 1684 venne fissata nel giorno 12 settembre, per il SS. Nome di Maria, la data della festività solenne che si sarebbe dovuta celebrare annualmente nella chiesa. I giovani della chiesa, per raccogliere fondi per la festa, andavano ogni anno in giro per le campagne a "cantare il maggio" ossia a declamare versi, suonare musichette o fare piccole rappresentazioni e questo fino al 1960 quando la festività venne spostata alla terza domenica di maggio perché cadesse vicina alla ricorrenza di Santa Maria delle Grazie che si celebra il 15 maggio.

 

Ma nonostante tanto entusiasmo da parte dei fedeli, e soprattutto le ricche elargizioni dei possidenti terrieri della zona quali i Magiotti o i marchesi Viviani, Santa Maria delle Grazie fu innalzata al grado di parrocchia con decreto vescovile solo il 17 settembre 1958 con esecutività dall'8 dicembre successivo.

 

La struttura attuale dell'edificio, portico antistante compreso, presenta quei sobri ma eleganti caratteri seicenteschi tipici delle strutture religiose della campagna fiorentina.

 

All'interno, sull'altare maggiore c'è ancora l'affresco con la Sacra Famiglia, opera di scuola fiorentina del XVI secolo e sul retro un altro affresco dello stesso periodo raffigurante Cristo in croce con la Madonna e San Giovanni Evangelista. Dove sorgevano i due altari laterali, uno dei quali dedicato a San Barnaba la cui festa veniva celebrata al Pestello ogni 12 giugno fino dal 1697, rimangono ancora le due tele settecentesche che li sovrastavano e che ritraggono San Filippo Neri e Sant'Agostino.

 

Nell'adiacente ex Cappella della Compagnia, la cappella della Venerabile Compagnia di Maria SS.ma delle Grazie e di San Giuseppe istituita nel 1828, ribattezzata dal 1980 Cappella della Madonna Pellegrina e del Centenario si conservano due campane trecentesche provenienti dalla chiesa di San Tommaso a San Tommè.